电子商务专业于2003年在我院首届招生，是在独立学院中开办相对较早的一个新兴专业。目前有在校学生285人，2016年毕业生53人。
本专业培养适应国家经济社会发展需要，具有扎实的经济与管理理论基础，掌握现代信息技术，熟悉电子商务实务运作，系统地接受电子商务和移动商务技术与运营的基本训练，熟悉电商发展新趋势，综合素质高，具有社会责任感和开拓创新精神，能够从事电子商务运作与管理的应用复合型人才。
本专业依托母体学校南京财经大学设置并建设。电子商务专业是南京财经大学的优势专业，具有雄厚的师资力量和较高的教学科研水平。本专业借鉴南京财经大学的先进办学理念，聘请南京财经大学的优秀师资承担专业课和专业基础课的教学任务。
多年来，本专业的人才培养方案、课程设置和教学体系，经过聘请校内外专家及企业人士组建的专业建设指导委员会不断论证修订，日臻完善。本专业发挥我院财经类高校的财经类专业群和商贸类课程群优势，形成了以“三化融合”促成人才培养的宽口径、复合型，以国际化提升电子商务尤其是跨境电商人才培养质量的人才培养特色。 其中的“三化融合”，也即内贸外贸一体化、经济管理一体化、线上线下一体化的相互融合。在夯实电子商务专业基础上，注重通过融合吸收国际贸易和贸易经济专业的课程内容，通过线上和线下教学的融合来拓展学生的知识面，增强人才培养的复合性。在人才培养视野上，强化与国际接轨，有相当一部分教师具有国外学习经历，教师队伍具有较高的国际化程度，并为学生培养制定了具有开放性、共享性和通用性的国际化课程体系。本专业为了达到人才培养目标，系统地融入新技术、新知识、新思维，以信息技术为平台，专业化软件为工具，先进的课程教学体系为载体，力求实现培养具有创新潜质的应用型人才目标。
紧跟社会需求，实行校企合作办学，夯实实验实训基础。本专业引入企业电子商务实训解决方案，与业内领先的电子商务应用型教育研究服务机构南京奥派信息产业股份公司进行合作共建办学，实施“六位一体”的电子商务实训方案。电子商务实训方案“六位一体”是指采用理论教学、案例教学、网络教学、实验教学、自测教学和创业教学等多种教学方式形成一个立体化的教学体系，对学生的理论分析能力、动手能力以及解决实际问题的能力进行全方位的训练，增强学生学习的主动性和与教师教学的互动性，使学生对所学知识融会贯通，学以致用。
本专业毕业生质量得到社会广泛认可。近几年毕业生英语四级通过率达95%以上，计算机二级通过率达98%以上，就业率95%以上，毕业生质量得到用人单位的肯定。2016年毕业生一共53人，有51人通过了英语四级，11人通过了英语六级，并且有54人通过了计算机等级考试二级。本专业学生在一些校内外专业比赛中取得较好成绩。2017年5月，在参加由教育部高等学校经济与贸易类专业教学指导委员会等部门主办的全国高校商业精英挑战赛“敏学杯”首届跨境电商创新实践大赛的起点赛—知识赛中，本系14级学生53人参赛，有48人通过考试，有资格申请由大赛主办部门颁发的《全国商业信息化应用能力考试证书》和《全国信息化工程师证书》（跨境电子商务师证书），并有资格组队参加预选赛等后续赛事。其中大部分为本专业学生。
