金融税收系现有金融学、保险学和税收学3个本科专业，均是在江苏省独立学院中较早开设的本科专业，也是全省独立学院最早拥有金融学、保险学、税收学学士学位授予权的专业。本系的三个专业在南京财经大学均是省级重点学科和优势学科——应用经济学的重要组成部分。目前，南京财经大学的金融学学科为江苏省重点学科，金融学专业为江苏省高等学校品牌专业和特色专业，金融学类专业（包括金融学、保险学）为江苏省重点专业。